Het Vlaams Woningfonds betaalt het kredietbedrag nooit rechtstreeks aan de ontleners. De gelden worden tijdig gestort op de financiële rekening van de door jou gekozen notaris, zodat deze de verkoper of vorige kredietverstrekker/geldschieter kan betalen.
Indien je werken uitvoert, wordt het daarvoor bestemde kredietbedrag op een lopende rekening bij het Vlaams Woningfonds geplaatst. Je kan dan onbetaalde, originele facturen die je hebt ondertekend als 'goed voor betaling' opsturen, mailen of opladen via “Mijn Woningfonds”. Het Vlaams Woningfonds betaalt dan rechtstreeks aan de aannemer en/of leverancier in kwestie. Een beperkt deel van het geleende bedrag kan onder bepaalde voorwaarden op jouw bankrekening gestort worden voor de betaling van kleine facturen en/of kostennota's.
Van zodra je kredietakte werd getekend, kan de dienst betalingen van het Vlaams Woningfonds overgaan tot betaling. Indien de werken een omgevingsvergunning voor stedenbouwkundige handelingen vereisen, hebben zij wel eerst een bewijs nodig dat ze werd toegekend. De gelden van lopende rekening moet je in principe binnen de twee jaar na het tekenen van je kredietakte opnemen. Blijft er, nadat alle werken zijn uitgevoerd, nog geld over? Dan wordt dat als vroegtijdige afkorting op je krediet geboekt. Het geld dat zich op de lopende rekening bevindt, brengt intrest op tegen dezelfde intrestvoet als deze op je krediet. Je verliest dus niets tijdens deze periode.